時は2008年。私立探偵の鳴海荘吉とその弟子の左 翔太郎は、謎の組織に拘束されていた少年を助け出した。脱出の途中に荘吉が追手の凶弾に倒れ、残る2人も絶体絶命の窮地に陥る中、少年は翔太郎に謎の機械を渡し、こう告げた。悪魔と相乗りする勇気、あるかな?それが始まりであった。

そして2009年秋。あらゆる場所で風車が回る風の街風都において、荘吉の後を継いで探偵業を営む翔太郎と1年前に救出された少年フィリップの元に、荘吉の娘鳴海亜樹子が事務所からの立ち退きを要求しにやってきた。翔太郎に付きまとううちに、亜樹子は風都で怪事件を起こす怪人ドーパントの存在を知る。そして、翔太郎とフィリップが変身する風都を守る戦士仮面ライダーWの戦いに深く関わっていくことになるすとーりーである。

時は2010年秋。鴻上ファウンデーションが運営する鴻上美術館に収蔵されていたオーメダルの封印が解かれ、800年の眠りから目覚めた怪人たちグリードが街中へと逃亡した。この事態に備えて配備されていた鴻上の戦闘部隊ライドベンダー隊もあっけなく壊滅し、美術館も全壊したのである。

そんな大惨事にも全く気づかず、美術館の事務室で眠りこけていたアルバイト警備員。彼の名は火野 映司。何の欲もなく、わずかな日銭と明日のパンツだけを持ち、世界を放浪している青年である。全壊に際してようやく目を覚ました映司は、室内に偶然落ちていた赤いメダルをアルバイト代と勘違いし、現場から持ち去ってしまったのがはじまりである。

働き口を失った映司は街をさまようが、そこに突然宙に浮く腕の怪物アンクが現れ、俺のメダルを返せと要求される。だが、そこに他のグリードの分身ヤミーが乱入してきた。ヤミーは駆けつけた刑事泉 信吾らに重傷を負わせたうえ、アンクにも一方的に危害を加える。映司はアンクを含めた人々を救おうと無謀にもヤミーへ立ち向かうが、そんな彼を見たアンクは利用できると判断すると、さらに2枚のメダルと謎のベルトを映司に手渡し、死にたくなければ変身しろと言い放つ。

こうして映司は、オーメダルの力を使って戦う戦士仮面ライダーオーズとなり、メダルを巡るグリードたちの戦いに巻き込まれていくストーリーである。

時は2011年、天ノ川学園高校にリーゼントに短ランという往年のツッパリスタイルの転校生・如月弦太朗がやってくる。教室に入ってきた弦太朗はこの学校の生徒全員と友達になると宣言。彼の言葉に困惑し、呆れる生徒達をよそに、幼なじみの城島ユウキは彼との再会を喜び、同じくクラスメイトで登校中に彼と一悶着起こしていた歌星賢吾は嫌悪感を隠さずにいた。一方、ユウキに学内を案内された弦太朗だったが、この天ノ川学園高校は学園一の情報通・JK（ジェイク）をはじめ、非常に個性豊かな生徒達が多い学校である事を知り、更に学園のルールを知らなかった為に、学園ヒエラルキーの頂点に立つ、アメフト部部長の大文字隼とチア部部長の風城美羽に目をつけられてしまうなど、登校初日から様々なトラブルに遭遇。 そんな中、弦太朗の前に突如ゾディアーツと呼ばれる怪物が現れた。弦太朗は勇猛果敢に立ち向かうが、敵うはずもなく、賢吾が操縦するパワーダイザーの援護もあってその場を切り抜けたのである。

本格的に活動を始めたゾディアーツと戦うため、賢吾はフォーゼドライバーを装着しようとするが、元来の病弱体質が祟り、ユウキに止められた。それを見かねた弦太朗は、賢吾からドライバーを奪い、彼に代わってフォーゼに変身。ゾディアーツを退けた弦太朗は、戦いの一部始終を見ていた少女・野座間友子からネット上にある都市伝説の一つ仮面ライダーに似ていると言われ、仮面ライダーフォーゼと名乗るようになる。こうして学園生徒全員と友達になる目標を掲げた学園生活を送りながら、ユウキと共に仮面ライダー部を結成したのが始まった。

やがて、そんな弦太朗の人柄に触れることで彼と友情を交わした隼、美羽、友子、JK、そして賢吾を加え、仮面ライダー部と弦太朗＝仮面ライダーフォーゼの学園の平和を乱すゾディアーツとの戦いと青春の日々が描かれたストーリーである。

時は2012年。半年前の日食の日、ゲートと呼ばれる人間たちがとある海岸に集めらる。そこで開かれた謎の儀式・サバトによってゲートの大半は死亡し、恐るべき魔物・ファントムが生み出された。サバトに巻き込まれた青年・操真 晴人（そうま はると）は、生まれかかった自身のファントム・ウィザードラゴンを体内に抑え込むことに成功し、謎の白い魔法使いから魔法使いの資格を得る。魔力を抽出されたゲートはファントムを体内に持っている者だけが魔法使いになれる。

そして現在、ワイズマンと名乗る怪人物がファントムを統率して次々とゲートを襲撃する事件が発生する。晴人は魔法使いの戦士・仮面ライダーウィザードとして、ゲートたちを守るために白い魔法使いの助けを借りながらファントムと戦うのである。やがて、究極の魔法石・賢者の石に関係があるとされる不思議な少女・コヨミが出現する。晴人がファントムたちからコヨミを守るべく戦う一方、ファントムの1体・グレムリンがある目的のために賢者の石を狙って暗躍。戦いはさらに激化していくストーリーである。

時は2013年。巨大企業ユグドラシル・コーポレーションの企業城下町・沢芽市でのこと。

企業の介入によって急速な発展を遂げたことで人々が豊かな暮らしを送る一方、閉塞感を覚えた若者たちはストリートダンスに熱中。彼らはフリーパフォーマンスのためのステージを取り合い、特殊な錠前ロックシードを用いた対戦競技インベスゲームに没頭。そうしたショーのための陣取りに参加する若者たちビートライダーズが熾烈なランキング争いに身を投じる一方、その一人だった青年葛葉紘汰は大人への変身を願い、ダンスをやめてアルバイトに励んだのである。

そんな紘汰のもとに、かつてのチームメイトである高司舞が現れ、リーダーである角居裕也の失踪とチームの窮状を訴えて救援の要請をしてくる。紘汰は自分の現状に悩みながらもチームメイトの頼みを断れず、捜索の最中、裕也に呼び出されて向かった倉庫街に空間の切れ目を発見。その向こうには奇妙な森が広がっており、普段は競技に使用している獣インベスが制御されない状態で跋扈していた。踏み込んだ紘汰と舞に対して敵意を剥き出しに襲いかかってくるインベスがいた。紘汰は、突如現れた舞に似た謎の女性が発するあなたは今、運命を選ぼうとしているという警告に、迷いなく舞を救うことを選択、森で拾ったベルト・戦極ドライバーにロックシードをはめ込み、アーマードライダー鎧武へと変身。インベスの撃破に成功。

裕也が見つかるまでという条件で一時的にチームに戻った紘汰は、インベスゲームにも参加。所属するチーム鎧武は破竹の勢いで勝ち進めるものの、新たなアーマードライダーが続々とランキング争いに参加しはじめるのだった。次第に激化するダンスチーム同士の抗争には、若者たちを利用せんとするユグドラシル・コーポレーションの陰謀が深く根ざしていた。さらに世界を脅かすヘルヘイムの森の侵攻と、その奥深くに住まう人間ならざる存在フェムシンムの思惑が、沢芽市へと影を落とし始めるのだった。たったひとりだけが手にすることを許された、世界を思うままに変える大いなる力禁断の果実。その存在がビートライダーズたちを子供の遊びでは済まされない、地球全土を巻き込んだ戦いの運命へと誘いこんでいくストーリーである。

時は2014年。人類の滅亡を目論む謎の人工生命体ロイミュードが世界各地を襲撃。ロイミュードの力によって周囲のあらゆるものの動きが鈍くされ、多くの人々が犠牲となった。後に周囲の動きが遅くなる現象は重加速やどんより、ロイミュード襲撃の出来事はグローバルフリーズと呼ばれ続ける。その同時期、警視庁の刑事・泊進ノ介は同僚の早瀬明と共に爆破テロの犯人と交戦していたが、発生した重加速の影響で拳銃を誤射してしまい、その二次災害によって早瀬に重傷を負わせる。同じ夜、巡査の詩島霧子は1体のロイミュードと遭遇して命の危機に陥るが、意志を持つミニカーシフトカーを使役して戦う仮面の戦士仮面ライダープロトドライブに命を救われたのであった。

それから半年後。進ノ介はグローバルフリーズ発生後に設立された怪奇事件専門の部署特状課に左遷され、早瀬に重傷を負わせたという失態から無気力になり、サボっては同僚となった霧子によって部署に連れ戻される毎日を続けていた。そんなある日、人間が全身真っ赤になって意識を失うという殺人未遂事件が起こり、特状課は捜査に乗り出した。その捜査で進ノ介は人工知能を持ったベルトドライブドライバー(ベルトさん)と、ベルトさんが使役するシフトカーと出会う。やがて人間を襲うロイミュードを発見した進ノ介は腰に着けていたベルトさんに変身を促され、シフトカーの力で戦う戦士・ドライブに変身し、ロイミュードを撃退した。その後、プロトドライブのことを知っていた霧子は進ノ介を秘密基地ドライブピットに案内し、ドライブのことは特状課にも漏らさないようにと告げる。やがて、プロトドライブが仮面ライダーと呼ばれていたことを知った進ノ介は、秘密の戦士仮面ライダードライブとして、ロイミュードとの戦いに身を投じる。一方でロイミュードも指導者であるハートと参謀格のブレンが動き出し、仮面ライダーと同等の力を持つ戦士魔進チェイサーを繰り出すのである。彼は敵でありながら、無関係の人間を決して襲わず、仮面ライダーとの一騎討ちを望むという高潔な一面を持つ戦士だった。戦いが激化する中、仮面ライダーマッハの資格者として訓練を積んでいた霧子の弟・詩島剛がアメリカから帰国して仲間に加わり、ドライブピットは二人体制でロイミュードに立ち向かうのである。

そんなある時、ロイミュードの幹部・ロイミュード001（フリーズ）により、人間と融合する新たなタイプのロイミュードが生み出され、人間を殺害するわけにはいかない仮面ライダー側は苦戦を強いられた。現れた融合進化態ロイミュードは早瀬の入院している病院を襲撃し、多くの市民が危機に陥った。進ノ介は早瀬の危機を目の当たりにし、ベルトさんの仮面ライダーの正体は秘密でなければいけないという反対を押し切り、ついに一般市民の目の前でドライブに変身。こうして警察官が仮面ライダーだったということが世間に知れ渡ることとなった。一方、魔進チェイサーことチェイスは、自身がかつてプロトドライブであったことを思い出すが、ハートたちと友情を誓い合ったこともあり、人間のためにもう一度戦うべきか否かについて思い悩んでいる。ハートはチェイス自身にその決断を委ねるが、かつて自身が救った霧子が危機に陥る様を見て、人間を救うことは自分の本能なのだと理解し、第3の戦士・仮面ライダーチェイサーに変身、ロイミュードに反旗を翻すのである。

チェイサーが加入した後、進ノ介はかつて自分の父親・泊英介を殺した犯人を逮捕する。しかし真犯人は、警察内部で人間に化けて暗躍していたロイミュード001こと真影壮一と、彼の手下である警察の幹部・仁良光秀の2人だった。2人の策略に翻弄され、一時は特状課全体が世間から敵視されるという危機に陥るが、進ノ介は彼らの犯行を白日の下に晒し、特状課の名誉を回復すると共に真影＝フリーズロイミュードを打倒、仁良を破滅に追いやる事で父の仇討ちを果たす事が出来た。一方で、ロイミュードに洗脳されたふりをして彼らに従っていた剛の捜査で、ロイミュードの生みの親にして剛と霧子の父・蛮野天十郎が、ベルトさん同様に意識体として生き延びていることが発覚した。当初は特状課に手を貸す素振りを見せる蛮野だったが、それは全て罠だった。蛮野は悪の戦士ゴルドドライブに変身し、味方であるはずのハートたちをも踏み台にし、第2のグローバルフリーズを起こすために全世界に向けて牙を剥くストーリーである。

何処からか地上に姿を現した謎の幽霊型怪人・眼魔が英雄の魂を宿したゴースト眼魂を求めて活動を開始。幽霊退治を担うゴーストハンター・天空寺龍は偶然現れた眼魔と戦うが敗れてしまい、息子・天空寺タケルに宮本武蔵が持っていた刀の鍔を託し息絶えてしまのである。
それから10年が経った時は2015年。大天空寺の跡取りとなったタケルは龍と同じゴーストハンターを目指そうとするもゴースト=幽霊が見えないことに悩んでいたが18歳を迎えた日、大天空寺に指定郵便の小包が届く。その中には龍の遺品である眼魂(アイコン)が入っており、触れたタケルは幽霊の姿が見えるようになった。その直後、刀眼魔と槍眼魔が大天空寺を襲撃し、タケルは幼馴染・月村アカリと住職代理・山ノ内御成を守るために眼魂を狙う2体の眼魔と戦うが、命を落とす。
死後の世界でタケルは仙人と名乗る謎の老人と出会うのだ。眼魂を見た仙人はタケルが戦いの運命に足を踏み入れていると悟り、彼を仮面ライダーとして蘇らせようと考える。それを受け入れたタケルはゴーストとして現世に戻ると龍から授かった眼魂と仙人から与えられたゴーストドライバーで仮面ライダーゴーストに変身。仙人の分身・ユルセンの指導を受けながら戦い、槍眼魔と刀眼魔を撃破する。しかし、ゴーストとして留まれるのは99日間でそれまでに英雄の魂が封じられた15個の眼魂を集め生者として蘇らなければならない。タケルは眼魂を集めるため、そして自分の運命に向き合うためにアカリや御成たちと共に眼魔が起こす怪事件に挑む。
眼魂を集めていく中、タケルは仮面ライダースペクターに変身する謎の青年と衝突をたびたび繰り返す。そのうち、タケルは青年が自分とアカリの幼馴染・深海マコトであることに気付く。マコトは10年前、眼魔を研究していた龍が同僚のゴーストハンター・西園寺主税たちと行った実験によって、妹の深海カノンと共に眼魔の世界に閉じ込められ行方不明になっていた。しかし、10年の間に地獄のような日々を過ごしてきたマコトはタケルたちを冷たく突き放すまでに正反対の人格となり、西園寺に協力する謎の青年・アランと接触を繰り返しながら、命を落とし魂だけになったカノンを救うために眼魂を集めていたのだ。
運命の99日目になり、タケルは龍の待つ死後の世界へ戻されてしまう。皆を守れなかったと後悔するタケルに龍は英雄の心を繋げという望みを託し、自らタケルに吸収される。龍の力で現世へ戻ったタケルは龍の魂が宿った闘魂ブーストゴースト眼魂の力を使いジャベルを撃破。再び与えられた99日という期限の中で再度眼魂を15個揃えようと決意を新たにするのが第一のストーリーである。

眼魔側が開発したシステムを用いて仮面ライダーネクロムに変身する。友としてのマコトを取り戻すため、彼を洗脳してしまう。さらに裏ではアランの兄・アデルの命令を受けた眼魔の科学者・イゴールも現世に現れ、独自に行動。
マコトは追って来るガンマイザー相手に、眼魔世界の長官・イーディスから、授けられたディープスペクターゴースト眼魂によって、ディープスペクターに変身して、撃退するのだ。
タケルはガンマイザーと戦うが、タケルの魂が入ったオレゴースト眼魂が砕け散り、タケルが消滅。アカリはタケルがいなくても、ガンマイザーをなんとかしようとするが、逆に追い詰められる。しかしアカリたち7人の想いを受けとったタケルが復活。新たなゴーストとなって、不滅のガンマイザーを打ち倒すことができた第二のストーリーである。

ムゲンの力を手に入れたタケルは、生き返るために再びグレートアイとの接触を図るのだ。
マコトの使用していたディープスペクターゴースト眼魂に入っていたガンマイザーのバックアップが起動し、フレイヤとグレートアイを取り込み、グレートアイザーへと変貌するのだ。
タケルたちをも凌駕するグレートアイザーはアイザージャイアントへと変貌し、タケルたちに協力していた眼魔を含むたくさんの人々を魂に変化させて吸収し、一度はタケルを絶望の淵へと追いつめた。しかし、母の声を聴き人間の想いや愛の無限の可能性を改めて信じることで希望を取り戻したタケルは再び変身し、アイザージャイアントを倒すとグレートアイザーもオレ魂のオメガドライブにより大爆発と共に完全消滅。
そして、タケルはグレートアイに自身の復活ではなくガンマイザーに消された人々の復活を望み実行させると、グレートアイからのお礼として身体を与えられ復活を果たすことができた第三のストーリーである。