時は西暦2000年。長野県山中の九郎ヶ岳で謎の遺跡が発掘されたが、棺の蓋を開けたことで目覚めた謎の存在によって、夏目幸吉教授らの調査団は全滅させられる。捜査に当たった長野県警刑事・一条薫は五代雄介と名乗る冒険家の青年と出会うことで始まる。雄介はそこで見せてもらった証拠品のベルト状の遺物から、戦士のイメージを感じ取る。

ズ・グムン・バに遭遇した雄介は、咄嗟の判断でベルトを装着して戦士クウガに変身した。そして、人々の笑顔を守るために怪人たちと戦うことを決意してクウガとして戦いを続ける。

以後、クウガと怪人たち＝グロンギは未確認生命体と呼ばれ、人々に認知されていく。

“未確認生命体事件”の終息から2年の月日が流れたある日、沖縄県の与那国島海岸に人知を超えた謎の遺物・オーパーツが流れ着いたのである。

同時に各地において、人間には不可能な殺害方法を用いた猟奇的連続殺人事件が発生。警視庁はこの事件の犯人を、かつての“未確認生命体”を超える新たなる脅威としてアンノウンと命名し、未確認生命体対策班 (SAUL) に専属捜査を命じた。

この物語は3人の仮面ライダー、SAULに配属された若き特務刑事・氷川誠＝G3、瀕死の重傷を克服した後に変容していく自らの肉体に恐怖を抱く大学生・葦原涼＝ギルス、そして記憶喪失でありながらも本能の赴くままにアンノウンを倒していく家事手伝いの青年・津上翔一＝アギト、の物語を交差させ、やがてひとつの巨大な流れへと昇華していくストーリー。

時は西暦2002年。街では、人々が忽然と失踪する事件が連続発生。真相を追うネットニュース配信社のOREジャーナルに所属する見習い記者、城戸真司は失踪者の部屋を取材中、奇妙なカードデッキを発見した。その力で仮面の戦士に変身してしまった真司は、鏡の中の世界に迷い込み、自分と同じような仮面の戦士がモンスターと戦う光景を目撃のである。

命からがら現実世界に戻って来た真司は、もう1人の仮面の戦士である秋山蓮と、彼と行動を共にしている神崎優衣から、ミラーワールドとミラーモンスター、そして仮面ライダーの存在を知らされたのだ。連続失踪事件はミラーモンスターによる捕食であり、仮面ライダーはミラーモンスターの力を使うことができる超人であった。ミラーモンスターから人々を守る決意をした真司もミラーモンスターと契約し、正式な仮面ライダー龍騎となって戦う。

だが、仮面ライダーナイトこと蓮は、真司と共闘するどころか龍騎を潰すと告げて襲いかかってきた。仮面ライダーは全部で13人いるが、それぞれの目的のために、最後の1人になるまで戦わなければならない宿命にあった。

真司はモンスターと戦いながらライダーバトルも止めようとするが、真司の願いとは裏腹にライダーバトルは繰り広げられていくストーリー。

時は西暦2003年。九州で一人旅をしていた青年乾巧は、そこに居合わせた少女園田真理とともに、謎の怪人オルフェノクに襲われた。真理は持っていたベルトを装着して超戦士ファイズに変身しようとするが失敗。無理やり巧にベルトを着け、彼をファイズに変身させることで窮地を脱した。どうやらオルフェノクたちは、そのベルトを狙って真理を襲ったらしい。その後二人はクリーニング屋の菊池啓太郎と出逢い、事情を知った彼の勧めで東京にある彼の家で3人の共同生活を始めることになった。

一方、東京で暮らしていた青年木場勇治は、2年前の居眠り運転トラックによる交通事故によって両親を失い、自らも2年間の昏睡状態を経て死亡したかに見えた。しかし、勇治は病院で謎の蘇生を遂げ、周囲を混乱させる。自らも混乱したまま帰宅する勇治だったが、自宅は既に他人のものとなっていた。叔父一家が自分が眠っている間に財産を根こそぎ利用していた事実を知り、恋人が自分を裏切り従兄弟と交際していることを知った勇治は、異形の怪物に変身し、従兄弟と恋人を手にかけてしまうのである。

醜悪な肉体変貌と犯した罪に絶望する彼の前にスマートレディという女性が現れ、事の真相を告げる。勇治は一度の死亡により、オルフェノクとして覚醒したのだった。スマートレディが属するオルフェノクの組織スマートブレイン社に囲い込まれた勇治は、同じようにオルフェノクとして覚醒した長田結花と海堂直也の二人と行動を共にするうちに、人類を敵視するスマートブレインの姿勢に反発し、人類とオルフェノクの融和を考える。

巧と勇治。2人の男の物語を中心に、ベルトを、ひいては人類の未来を巡って、オルフェノクと人類の戦いが幕を開けた。

人類基盤史研究所（BOARD）。それはヒトが地球を制した背景には、進化論で説明できない理由が存在するとの仮定に立ち、その理由を究明するために作られた機関。彼らは研究対象の、不死の生命体・アンデッドを様々な生物の祖であるとした。しかし3年前、アンデッドの大半の封印が解かれ、人間を襲い始めた。BOARDは所長・烏丸啓の指揮の下、アンデッドをラウズカードへと封印すべく、アンデッドの能力を応用した特殊装備ライダーシステムを開発し
た。
BOARDの新人職員・剣崎一真 / 仮面ライダーブレイドは、先輩の橘朔也 / 仮面ライダーギャレン。
まず、戦いの中で剣崎は相川始 / 仮面ライダーカリスと遭遇する。
橘は、ライダーシステムに肉体を蝕まれ、烏丸らへの恨みを抱えながらさまよっていた。
幼いころに誘拐されたトラウマに苛まれる高校生・上城睦月は、スパイダーアンデッドに魅入られて仮面ライダーレンゲルとなり、力を誇示するかのように見境なく戦闘に介入する。
チベットで幼いころに誘拐されたトラウマに苛まれる高校生・上城睦月は、スパイダーアンデッドに魅入られて仮面ライダーレンゲルとなり、力を誇示するかのように見境なく戦闘に介入する。
剣崎は、ジャックフォームへの強化変身能力を得る。
剣崎は戦いの中でアンデッド13体と融合したキングフォームへと進化をして戦うストーリー。

時は西暦2005年。高校受験を目前に控えた安達 明日夢（あだち あすむが、母の実家の法事で屋久島に向かう船上で、船から転落した男児を助ける男を見たのだ。それを見て驚く明日夢にそのなぞの男は鍛えてますからとだけ言い残して立ち去った。

島を散策しに出た明日夢は、原生林の中で怪物に襲われた。窮地の明日夢の前に再び船上の男・ヒビキが現れた。ヒビキは音叉を顔の前にかざすと、全身が炎につつまれ鬼の姿に変身、怪物に立ち向かっていくストーリーである。

西暦1999年10月19日、地球に飛来し日本・シブヤに落下した巨大隕石によりその周辺地域は壊滅したのである。そして7年後の時は西暦2006年、人間を殺害しその人間に擬態する宇宙生命体・ワームが出現する。ワームに対抗するため、人類は秘密組織ZECTを結成し、ワームに対抗するためマスクドライダーシステムを開発した。そんなある日、ZECTの見習い隊員・加賀美新は、自らを天の道を往き、総てを司る男と称する妙な男・天道総司と出会う。その頃ワームが出没し、追い詰められていくZECT隊員たちを見た加賀美はライダーになって戦うことを決意。しかしカブトゼクターは加賀美ではなく、天道の手中に納まった。天道は何故か持っていたライダーベルトにカブトゼクターをセットして変身、仮面ライダーカブトとなり戦うストーリーである。