時は2007年の現代に現れ、時間の改変を企てる侵略者イマジンと、これを阻止するために戦う仮面ライダー電王・野上良太郎、そして良太郎に憑依し力を貸す味方イマジン達の活躍が描かれている。

イマジンは憑依した人間との間にその望みをかなえるという契約を結び、手段を選ばず契約完了することで望みにまつわる記憶を呼び覚まし、それを足がかりに過去へ飛び破壊活動を行うことで時間を改変してしまうのである。それに対抗できる電王に変身できるのは、時間改変の影響を受けない特質の持ち主特異点のみなのだ。だが時の列車デンライナーに乗って未来から来た女性ハナが見出した特異点・良太郎はひ弱で気弱、しかも不運続きと一見およそヒーローらしくないのである。

そんな良太郎に憑依して力を貸すのが、モモタロス・ウラタロス・キンタロス・リュウタロスといった強烈な個性を持ったイマジン達が憑依することで良太郎は能力のみならず性格も一変する。彼らの力と良太郎の奥底にある正しく強い心が合わさることで電王はその力を発揮するのである。そして過去へ飛んだイマジンを追って、電王もデンライナーで過去へ飛ぶのだ。

そうして戦いを続ける良太郎の前に、仮面ライダーゼロノス・桜井侑斗と名乗る青年がイマジン・デネブを伴って現れたのだ。良太郎の姉・野上愛理の失踪した婚約者と同じ名前を持つ彼の存在には、この事件の根幹に関わる秘密が隠されているそんなストーリーである。

1986年。世間には人間に化け人間の生命エネルギー・ライフエナジーを吸って生きるモンスター・ファンガイア族が跳梁跋扈し、それに気づいた数少ない人々がファンガイアと戦いを繰り広げていたのである。ある日、腕利きのファンガイアハンターである麻生ゆりはターゲットであるファンガイアを追い詰めたものの、彼女に惚れたらしい1人の男の乱入により取り逃がした。ゆりの叱責を気にもせず彼女を口説きに掛かる男の名は、紅音也。天才バイオリニストである彼は、こうしてファンガイアの存在を知ることになった。

それから22年経った時は2008年。ゴーグルにマスクという奇妙な姿で、ゴミを漁っては魚の骨を拾って回る怪しげな青年がいた。彼の名は紅渡である。音也の息子である彼は、父の遺したバイオリンブラッディローズを超えるバイオリンを作るためにバイオリン職人として修行を続けていたが、他人との接触を極端に嫌う内気な性格のため彼方此方でトラブルをたびたび起こしていた。

そんなとき、22年前に逃がしたファンガイアが再び出現した。ゆりの娘であるファンガイアハンター・麻生恵が戦いを挑むも、その力に圧倒され危機に陥る。その時ブラッディ・ローズの弦が突如として震え始め、それを聞いた渡は本能に突き動かされるようにファンガイアの元に向かう。奇妙な姿をしたコウモリ・キバットが渡に噛み付いた瞬間渡の身体は鎧に包まれ、異形の姿=仮面ライダーキバへと変貌を遂げたストーリーである。それは父と息子、22年にわたる運命の物語として幕を開けた。

時は西暦2009年。光夏海は無数の仮面ライダーが1人の標的＝ディケイドに総攻撃を仕掛けて全滅するという夢を繰り返し見てはうなされていたのである。現実に戻れば家業の光写真館に居候している青年・門矢士がきちんと写真を撮らないと客から苦情を受け、謝罪と士への説教をする毎日が続いていた。

ある日、突如世界のあちこちで謎のオーロラと共に無数の怪人が現れ、人々を襲い始めた。夏海と離れ離れになった士は謎の青年・紅渡と接触し、自分がディケイドと呼ばれる仮面ライダーであることを知らされた。夏海と合流した士は、彼女が見つけたバックルで仮面ライダーディケイドに変して怪人たちを倒すが、世界の崩壊は止まらなかった。

士は再び現れた渡により、それぞれの仮面ライダーが戦う9つの並行世界が1つに融合し、最終的に崩壊しようとしているということ、そして士は九つの世界を旅してそれを防ぐ使命を課せられた存在だということを告げられた。こうして士は自分の写せる世界を探すために、夏海は夢で見たディケイドへの不安から、異世界への旅に出ることを決意するストーリーである。