毎日を懊悩して暮らす青年漫画家の藤沼。ただ彼には、彼にしか起きない特別な症状を持ち合わせていた。それは…時間が巻き戻るということ！　この現象、藤沼にもたらすものは輝く未来？　それとも…。

「亜人」と呼ばれるその生物は「死なない」。　高校生・永井圭はある日、交通事故で死ぬが、その直後に生き返った。　それは、彼が亜人であり、人間ではないことを意味する。圭をとりまく環境は一変した。彼は人間たちから逃げ惑うことになる。友人のカイは怯える圭を助けるために駆けつけ、二人で人里を離れて山の中に逃げ込んだ。そんな彼に人間と敵対する亜人たちが接触してきた。

2010年11月22日・月曜日、日本各地に10発のミサイルが落下した。「迂闊な月曜日」と呼ばれたこの事件は、奇跡的に1人の犠牲者も出なかったこともあり、人々は次第に危機意識を失っていった。それから3ヶ月後、11発目のミサイルが旅客機を直撃した。
その頃、大学卒業旅行でホワイトハウスを訪れていた森美 咲は、滝沢 朗と名乗る同い年の男性にトラブルを救われる。滝沢は記憶を失っており、全裸姿であったが、82億円の電子マネーが入った風変わりな携帯電話（ノブレス携帯）を手にしていた。咲と共に日本に帰国した滝沢は直ちに自分が何者かを探り始める。現状と将来に悩んでいた咲は、滝沢に振り回されながらも次第に心惹かれるようになる。
間もなく滝沢は自分がセレソンゲームに参加させられている12人のうちの1人（セレソン）だと知る。100億円を好きなように使って閉塞感漂う日本を救うことを課せられ、最初にゴールした1人以外は「サポーター」により死がもたらされるという。ノブレス携帯を使えば、国家権力を動かすほどの依頼もできる。ミサイル攻撃もそのゲームによるものであった。資金を使って何を買ったかは逐次他の11人に通知されるようになっており、セレソン同士の妨害工作も許されている。
咲は大学のサークル「東のエデン」の仲間と滝沢を引き合わせる。これにより、ゲームの進行状況が見えてくると共に、滝沢が何者であるかが明らかとなっていく。咲は滝沢を理解しようとし、滝沢も咲の思いに応えようと再度のミサイル攻撃から人々を守ろうとする。
劇場版ではその後のストーリーを描く。テレビ版の最後で「日本の王様になる」ことを依頼して受理された滝沢は、再び記憶を消し、ニューヨークに行く。そして、咲との再会をきっかけに、改めてセレソンゲームに関与することになる。
以降の詳細なストーリーは後述「登場人物」の主要人物の説明を参照のこと。